Pemeriksaan penyakit Virus pada ikan dan udang

Penyakit dalam perikanan disamping disebabkan oleh parasit dan bakteri, salah satu agen patogen yang paling berbahaya adalah virus. Penyakit virus sangat meresahkan industri budidaya sebab dapat menyebabkan kematian massal dan kerugian ekonomi yang cukup tinggi. Tingkat penularan penyakit viral ini juga lebih cepat bila dibandingkan agen patogen lainnya. 

Pemeriksaan penyakit yang disebabkan virus umumnya dapat dilakukan dengan dua cara yakni secara konvensional dan bioteknologi. Pemeriksaan virus secara konvensional dilakukan  dengan pemeriksaan mikroskopis baik secara sederhana maupun histopatologi dan isolasi virus. Isolasi dan identifikasi virus pada ikan tidaklah mudah karena ikan merupakan hewan poikilotermik serta banyaknya assay, tehnik budidaya, dan diagnostik yang dikembangkan pada hewan darat sehingga masih diperlukan dimodifikasi. 

PCR dalam diagnosa penyakit udang

Metode molekuler merupakan metode diagnosis yang cukup penting dalam diagnosa penyakit udang. Diagnosa penyakit udang yang paling banyak digunakan dalam waktu cepat dengan akurasi tinggi adalah menggunakan PCR. Probe gene pertama  dikembangkan untuk mendiagnosa penyakit udang IHHNV. Metode ini mengamplifikasi bagian unik dari genom patogen yang terdeteksi dengan sepasang primer spesifik.

Metode PCR menargetkan sebagian kecil dari asam nukleat patogen (RNA maupun DNA) yang diamplifikasi dengan bantuan deoxynucleotida dan DNA polymerase. PCR dapat mendeteksi patogen yang berjumlah banyak (dalam stadium infeksi berat) maupun patogen dalam jumlah sedikit (stadium awal atau tanpa gejala) dengan nested PCR. PCR sangat membantu dalam deteksi dini penyakit udang sehingga penyakit dikontrol lebih awal. PCR juga dapat mendeteksi karier, air, sedimen, untuk melihat adanya kontaminasi di lingkungan budidaya.

NItrit dalam Perikanan

Nitrit merupakan senyawa kimia yang umum ada di perairan budidaya tawar, laut, maupun payau. Senyawa ini lebih berbahaya di kondisi air tawar dibandingkan air laut. Nitrit dihasilkan sebagai produk nitrifikasi antara amonia dan nitrat. Agar nitrit menjadi nitrat, dibutuhkan peran bakteri nitrifikasi pengoksidasi (Nitrobakter, Nitrococcus, Nitrospira, Nitrospina). Ketiadaan bakteri tersebut dapat mengakibatkan kadar nitrit menjadi tinggi Terbatasnya oksigen pada kolam juga dapat menghambat proses perubahan nitrit menjadi nitrat. Sehingga berakibat pada menumpuknya nitrit dalam air budidaya. Keracunan nitrit dapat terjadi apabila kadarnya melebihi ambang batas.