Metode molekuler merupakan metode diagnosis yang cukup penting dalam diagnosa penyakit udang. Diagnosa penyakit udang yang paling banyak digunakan dalam waktu cepat dengan akurasi tinggi adalah menggunakan PCR. Probe gene pertama dikembangkan untuk mendiagnosa penyakit udang IHHNV. Metode ini mengamplifikasi bagian unik dari genom patogen yang terdeteksi dengan sepasang primer spesifik.
Metode PCR menargetkan sebagian kecil dari asam nukleat patogen (RNA maupun DNA) yang diamplifikasi dengan bantuan deoxynucleotida dan DNA polymerase. PCR dapat mendeteksi patogen yang berjumlah banyak (dalam stadium infeksi berat) maupun patogen dalam jumlah sedikit (stadium awal atau tanpa gejala) dengan nested PCR. PCR sangat membantu dalam deteksi dini penyakit udang sehingga penyakit dikontrol lebih awal. PCR juga dapat mendeteksi karier, air, sedimen, untuk melihat adanya kontaminasi di lingkungan budidaya.