PCR dalam diagnosa penyakit udang

Metode molekuler merupakan metode diagnosis yang cukup penting dalam diagnosa penyakit udang. Diagnosa penyakit udang yang paling banyak digunakan dalam waktu cepat dengan akurasi tinggi adalah menggunakan PCR. Probe gene pertama  dikembangkan untuk mendiagnosa penyakit udang IHHNV. Metode ini mengamplifikasi bagian unik dari genom patogen yang terdeteksi dengan sepasang primer spesifik.

Metode PCR menargetkan sebagian kecil dari asam nukleat patogen (RNA maupun DNA) yang diamplifikasi dengan bantuan deoxynucleotida dan DNA polymerase. PCR dapat mendeteksi patogen yang berjumlah banyak (dalam stadium infeksi berat) maupun patogen dalam jumlah sedikit (stadium awal atau tanpa gejala) dengan nested PCR. PCR sangat membantu dalam deteksi dini penyakit udang sehingga penyakit dikontrol lebih awal. PCR juga dapat mendeteksi karier, air, sedimen, untuk melihat adanya kontaminasi di lingkungan budidaya.

Aspek yang berkaitan dengan kualitas produk perikanan

Pada umumnya, budidaya perikanan lebih befokus pada peningkatan produksi. Akan tetapi peningkatan produksi akan berbanding lurus dengan penghasilan apabila produk yang dihasilkan berkualitas tinggi. Setiap spesies ikan memiliki kebutuhan yang berbeda dalam budidaya, misalkan kebutuhan kualitas air, pakan, dan kondisi lingkungan budidaya. Kepadatan juga mempengaruhi munculnya stress yang dapat berkontribusi terhadap kualitas produk di saat pemanenan. Proses pemanenan membutuhkan handling yang tepat termasuk ketika proses penanganan hasil produk perikanan yang harus dilakukan secara hati-hati untuk mendapatkan kualitas produk yang baik. Nutrisi pada ikan juga harus terjaga. Penambahan bahan-bahan tertentu seperti selenium dalam pakan untuk menghasilkan ikan yang lebih sehat. Dalam menilai kualitas produk perikanan, terdapat beberapa tolak ukur yang kerap digunakan. Tolak ukur ini penting untuk dapat menentukan hasilantara lain:

Pentingnya karotenoid untuk ikan

Karotenoid merupakan suatu pigmen precursor vitamin A yang penting untuk fotosintesis dan perlindungan cahaya pada tanaman. Karotenoid merupakan lipid yang mengandung unit isoprenoid. Karotenoid berasal dari struktur akrilik C40H56 dan pigmen tanaman atau alga yang bertanggung jawab terhadap warna merah cerah, kuning, oranye. Terdapat lebih dari 600 jenis karotenoid di alam yang diklasifikasikan menjadi karoten dan xanthophil.

Pada ikan, karotenoid berkaitan erat dengan astaxanthin dan canthaxanthin sebagai pemberi pigmen merah hingga jingga pada daging salmon dan bagian luar udang dan lobster. Pigmen karotenoid  pada beberapa spesies ikan dapat juga terdeposit pada telur yang berasal dari mobilisasi daging salmon dan terdeposit pada jaringan ovarium saat dewasa kelamin.

Pigmen pada Ikan

Warna atau pigmentasi merupakan hal penting dan menjadi bagian dari mekanisme pertahanan setiap hewan. Warna pada tubuh ikan ikan memiliki fungsi untuk persembunyian, penyamaran, dan pemberitahuan. Warna tubuh dapat melindungi dari radiasi sinar UV atau serangan parasit, menyokong reproduksi dan interaksi sosial. Beberapa larva sidat memanfaatkan warna tubuh yang transparan untuk menghidari predator. Ikan pelagis cenderung memiliki warna tubuh sederhana, keputih-putihan pada perut, perak di sisi bawah tubuh sampai biru atau kehijauan di sisi atas dan hitam pada punggung. Sedangkan ikan demersal memiliki warna yang cenderung menyesuaikan substrat hidupnya.

Warna pada tubuh ikan dipengaruhi oleh schemachrome (konfigurasi fisik) dan biochrome (pigmen pembawa warna).

1. Schemachrome
   Warna putih ditemukan pada rangka, gelembung renang, sisik, testis. Sedangkan warna biru ditemukan pada iris, dan warna pelangi pada mata, sisik, membran anus
   
   
2. Biochrome
   Pigmen yang termasuk biochrome adalah carotenoid (kuning, merah, dll), chromolipoid (kuning – coklat); indigoid (biru, merah, hijau), melanin (hitam dan coklat), flavin (floresen kehijauan), purin (putih atau perak), pterin (putih, kuning, merah, jingga).

Mud Crab Reovirus (MCRV) pada Kepiting

Nama lain:  sleeping disease [1]

Etiologi/ penyebab:

Reovirus, dsRNA, berbentuk icosahedral. Terdapat 8 jenis reovirus pada kepiting antara lain: W virus (menginfeksi Carcinus fmaenas), W2 dan RC84 (C. mediterraneus), P virus (Macropipus depurator), RLV (Callinectes sapidus), EsRV905 dan EsRV806 (Eriocheir sinensis), SsRV (Scylla serrata) [1]. MCRV serupa dengan reovirus krustasea, W2, P, dan EsRV905. Kemungkinan, MCRV merupakan anggota baru dari kelompok DpPV dan CcRV-W2 [8].  Virus ini bereplikasi di sitoplasma sel [1]. Virus  berdiameter 70-75nm, tidak beramplop dan emmiliki du lapis kapsid [2].

Hospes

kepiting Carcinus fmaenas, C. mediterraneus, Macropipus depurator, Callinectes sapidus, Eriocheir sinensis, Scylla serrata [1]., S. paramamosain, C. quadricarinatus [4].